התקופה שלאחר רצח יאיר היתה הקשה ביותר בתולדות המחתרת. מנהיגה הבלתי מעורער לא היה עוד ורוב הלוחמים היו כלואים בבתי כלא ובמחנות מעצר. חברי המחתרת שנשארו בחוץ נרדפו וסבלו מהלשנות רבות. בתקופה זו החליטו הלוחמים שנשארו חופשיים ונאמנים לרעיון, להתארגן בנפרד כממשיכי דרכו של יאיר והתלכדו יחדיו סביב אחד הלוחמים הבולטים באותה עת – טוביה חן ציון.
הם נקראו קבוצת טוביה, מטרתם של חברי הקבוצה היתה למנוע את הרס המחתרת כולה ולשמור על גחלת לוחמים למרות גל המאסרים והכישלונות שרדף את המחתרת. כצעד ראשון לכך, שינו את מבנה הארגון. הם החליטו לרדת למחתרת עמוקה וכך להקשות על זיהוי החברים בארגון ולמנוע את מעצרם. החלטה נוספת שהתקבלה היתה לשנות את שם הארגון מ"האצ"ל בישראל" ל"לוחמי חירות ישראל" – לח"י. משמעות השם היא לא רק לוחמי חופש אלא גם לחי = חיים. המאבק הוא על מנת לחיות בארץ חופשית.
על אף ההתארגנות החדשה לא סבר אף אחד מהחברים כי הוא מתאים לשמש כמנהיג המחתרת אחרי יאיר. האדם המתאים ביותר היה, להסכמת כולם, יצחק יזרניצקי (שמיר) אך הוא ישב באותה עת במחנה המעצר במזרע. כאשר טוביה סיפר לו על המחתרת המתארגנת מחדש ועל רצונו שהוא, יצחק, יפקד עליהם ענה יצחק "תבורכו!". כל שנותר לעשות הוא לחכות שיברח ממחנה המעצר ויתחיל במשימה להקמת המחתרת מחדש. ובינתיים, למשך חמישה עשר חודשים, שמרה הקבוצה על רוח המחתרת.
טוביה ושאר המפקדים החליטו ליצור קבוצות של בני נוער - תאים של שלושה או ארבעה חניכים - שיחונכו על עיקרי התחייה. מתוך כך תיווצר מוטיבציה ללכת באש ובמים למען הקמת מדינה יהודית. החניכים – חניכי תנועת בית"ר, בני עקיבא, צופי העדה וברית חשמונאים- זומנו מיד עם ההתארגנות החדשה לפגישות אישיות, בהן הביעו הסכמה גמורה להצטרף לארגון החדש. הארגון מנה עשרה תאים, כאשר לכל אחד מהחניכים היה כינוי מחתרתי.
החניכים התאמנו בשימוש באקדחים ובהכרת העיר על כל סמטאותיה, רחובותיה וחצרותיה על מנת שכאשר יצטרפו למחתרת יוכלו להשתמש בידע שצברו בחיי המחתרת. פעילות זו היתה הכנה והכשרה לקראת החזרה לפעולה.
לאחר ששמיר ברח ממחנה המעצר במזרע וחבר לישראל אלדד ונתן ילין מור כמרכז לח"י, החלו חברי המחתרת בהכנות לחידוש ההתקפות על הבריטים. הלוחמים ידעו כי תקופה חדשה עומדת להיפתח.
מרכז לח"י קיבל עליו את השם שבזמנו טוביה העניק לקבוצתו – לוחמי חירות ישראל – לח"י. שם זה נשמר ונשאר מאז ועד היום.
הם נקראו קבוצת טוביה, מטרתם של חברי הקבוצה היתה למנוע את הרס המחתרת כולה ולשמור על גחלת לוחמים למרות גל המאסרים והכישלונות שרדף את המחתרת. כצעד ראשון לכך, שינו את מבנה הארגון. הם החליטו לרדת למחתרת עמוקה וכך להקשות על זיהוי החברים בארגון ולמנוע את מעצרם. החלטה נוספת שהתקבלה היתה לשנות את שם הארגון מ"האצ"ל בישראל" ל"לוחמי חירות ישראל" – לח"י. משמעות השם היא לא רק לוחמי חופש אלא גם לחי = חיים. המאבק הוא על מנת לחיות בארץ חופשית.
על אף ההתארגנות החדשה לא סבר אף אחד מהחברים כי הוא מתאים לשמש כמנהיג המחתרת אחרי יאיר. האדם המתאים ביותר היה, להסכמת כולם, יצחק יזרניצקי (שמיר) אך הוא ישב באותה עת במחנה המעצר במזרע. כאשר טוביה סיפר לו על המחתרת המתארגנת מחדש ועל רצונו שהוא, יצחק, יפקד עליהם ענה יצחק "תבורכו!". כל שנותר לעשות הוא לחכות שיברח ממחנה המעצר ויתחיל במשימה להקמת המחתרת מחדש. ובינתיים, למשך חמישה עשר חודשים, שמרה הקבוצה על רוח המחתרת.
טוביה ושאר המפקדים החליטו ליצור קבוצות של בני נוער - תאים של שלושה או ארבעה חניכים - שיחונכו על עיקרי התחייה. מתוך כך תיווצר מוטיבציה ללכת באש ובמים למען הקמת מדינה יהודית. החניכים – חניכי תנועת בית"ר, בני עקיבא, צופי העדה וברית חשמונאים- זומנו מיד עם ההתארגנות החדשה לפגישות אישיות, בהן הביעו הסכמה גמורה להצטרף לארגון החדש. הארגון מנה עשרה תאים, כאשר לכל אחד מהחניכים היה כינוי מחתרתי.
החניכים התאמנו בשימוש באקדחים ובהכרת העיר על כל סמטאותיה, רחובותיה וחצרותיה על מנת שכאשר יצטרפו למחתרת יוכלו להשתמש בידע שצברו בחיי המחתרת. פעילות זו היתה הכנה והכשרה לקראת החזרה לפעולה.
לאחר ששמיר ברח ממחנה המעצר במזרע וחבר לישראל אלדד ונתן ילין מור כמרכז לח"י, החלו חברי המחתרת בהכנות לחידוש ההתקפות על הבריטים. הלוחמים ידעו כי תקופה חדשה עומדת להיפתח.
מרכז לח"י קיבל עליו את השם שבזמנו טוביה העניק לקבוצתו – לוחמי חירות ישראל – לח"י. שם זה נשמר ונשאר מאז ועד היום.
